缺点
不耐受过放：
过放电时（电压小于3.0V时放电），过量嵌入的锂离子会被固定于晶格中，无法再释放，导致寿命缩短，深度放电更可能使电池损坏。所以使用至极低电量是损伤电池的行为，但只要回充至高电压数次有可能再度活化电池的最大蓄电量。
不耐受过充：
过充电时，电极脱嵌过多锂离子，又没有及时得到补充，长久可导致晶格坍塌，从而不可逆的降低了储电量。因而锂电池必须经常使用，避免保持满电状态和持续插上充电器接头，要定时适当的使内储的电子流动，保养电池长期的健康。
衰老怕热：
与其它充电电池不同，锂离子电池会在使用循环中不可避免的自然缓慢衰退，就算是储放著不使用，容量也会减少，这其实与使用次数无关（除非是过度充放的循环导致的晶格损失，这样的衰老过程称之为损耗较为合适），而与温度有关。可能的机制是内阻逐渐升高，所以，在工作电流高的电子产品更容易体现热衰现象，另外也要避免外部气温所带来的影响。用钛酸锂取代石墨，似乎可以延长寿命。储存电池的温度与容量永久损失速度的关系如下：
储存时的充电电量, 储存温度0℃ …
储存时的充电电量 储存温度0℃ 储存温度25℃ 储存温度40℃ 储存温度60℃
40％～60％ 2％/年 4％/年 15％/年 25％/年
100％ 6％/年 20％/年 35％/年 80％/6月
回收率：
大约有1％的出厂新品因种种原因需要回收。
需要多重保护机制：
由于错误使用会减少寿命，甚至可能导致爆炸，所以，锂离子电池设计时一般都会增加了多种保护机制。
保护电路：防止过充、过放、过载、过热。
排气孔：避免电池内部压强过大。
隔膜：有较高的抗穿刺强度，防止内部短路；在电池内部温度过高时还能融化，阻止锂离子通过，阻滞电池反应，升高内阻(至2kΩ)。
排气孔、隔膜一旦发动，将使电池永久失效。
膨胀: 当电池过度充电，过热,浸水，使用副厂充电器，或将其不当保存，进行不当使用皆有可能膨胀甚至爆炸。
